為了能很好的進行醫療廢水處理或污泥中的病原體或使之滅活而進行的處理過程。分為廢水消毒和污泥消毒。

　　醫院廢水處理主要是消毒，即殺滅病原體。提醒醫院廢水的水質十分復雜，一般隨著用水量的加大，相應的污染物濃度也越來越高，醫院廢水處理流程應盡可能設調節池，調節池不但可以調節水量，消滅高峰負荷，并可以調節水質，使其處理效果不會因水質變化而受到干擾二氧化氯消毒劑的投加點一般選擇在調節池之后。浮選沉淀后經消毒池(由二氧化氯混合發生器制備的消毒劑)進行消毒后，達標排放。自發浮選沉淀池的剩余污泥排入調節池，調節池和接觸氧化池的污泥打入污泥消化池進行好氧消化處理可達標排放。

　　廢水經提升后進入混凝沉淀池進行混凝沉淀，沉淀池出水進入接觸池進行消毒，接觸池出水達標排放。調節池、混凝沉淀池、接觸池的污泥及柵渣等廢水處理站內產生的垃圾集中消毒外運。

　　醫療廢水處理的基本方法有三類：物理法和化學法。物理法主要是針對醫院廢水進行沉淀、分離等操作，這樣的操作并不能達到消菌的目的,但能為后續的消菌處理的操作降污染負荷。生化法是將廢水和微生物混合與接觸，利用微生物自身發生的生物化學等作用對廢水進行分解。